エターナルダークネスの魔法はエンシャントの力を源にしている。よってエンシャント同士の力関係の影響を大きく受ける。属性は色で示される。チャターガ（赤）、ウーリアス（青）、ゼロタース（緑）、マントロク（紫） このほかに仕掛けなどで黄色の魔法をみることができる。黄色はアライメントルーン以外のルーンの色でもあり、無属性と考えられていたが、その裏にエンシャントが存在するとシリコンナイツのインタビューにより明らかになった。

魔法は適切なルーンをパワーサークルに配置することで作成できる。ルーンは4種類に分けられる

・アライメントルーン（どのエンシャントの力を使うか）
チャターガ（赤）、ウーリアス（青）、ゼロタース（緑）、マントロク（紫）
・対象ルーン（対象を何にするか）
マゴルモア（物）、レゴルモア（場）、サンタック（自己）、アレタック（敵）
・操作ルーン（どのような操作を行うか）
バンコロク（防御）、ティアー（召喚）、ネロカース（吸収）、ネスレック（消去）、アントーポック（投射）
・増幅ルーン（さらに呪文に力を加えるか）
パルゴン（力）

魔術の基本は対象ルーンと操作ルーンによって魔法の効果が決まり、唱えるときにアライメントルーンでどのエンシャントの力を使うか決定するものである。増幅ルーンで呪文に力を加えることで効果を大きくしたり、より強い呪文への対抗が可能になる。

プレイヤーが使うことが出来る魔法は以下の12種類である
物＋投射 エンチャント・アイテム
自己＋吸収 リカバー（アライメントの力を自己に取り込む）
自己＋防御 シールド（自分の回りを守るシールドを張る）
場＋吸収 リビール・インビジブル（透明なものに色の魔力を吸収させて見えるようにする）
場＋防御 ダメージ・フィールド（敵の侵入を防ぐ結界場をつくる）
場＋消去 ディスペル・マジック
場＋投射 マジカル・アタック
場＋召喚 マジック・プール（場からアライメントの力を取り込み自動回復）
敵＋防御 バインド（敵を従属させる）
敵＋召喚 サモン（増幅ルーンの数によって召喚できるものが変わる。トラッパー、ゾンビ、ホラー、グレートガーディアン、そして条件がそろった場合はエンシャント自身）

プレイヤーが使うことが出来ないものには、ゼロタースのグレートガーディアンの使う魔法がある。これはゼロタースのアライメントルーン、そして敵＋投射の3ポイントスペルで、エネルギーがサークルから噴出して敵を攻撃する。エターナルダークネスの世界にはまだ人が知らない魔法が存在するのかもしれない･･･