エターナルダークネスはもともとN64向けのソフトとして開発されていた。発表会にも出展し、90%完成していたという。しかし、任天堂とシリコンナイツは話し合いの後、N64での発売をキャンセルし、GCに移行することにした。

ストーリーは基本的にそのままだったが、グラフィックは完全3Dにするためにすべて作り直し、カメラの演出の自由度が高まった。画像はプログレ対応に、音響はプロロジック２の立体音響にパワーアップした。

64時代のスクリーンショットをみると、現在と同じキャラ、見覚えのある場所を見ることが出来る。中には没となったキャラクターもいる。ペルシャ遺跡で戦う十字軍の兵士のキャラクターがいる。彼はプレイヤーが使えるキャラクターではなくなったが、ロベルトの章の始めのムービーにその姿をみることができる。なお、エリアにマントロクの心臓を埋め込む僧侶も彼のような没となったキャラクターで、エジプトからマントロクの呼び声によって旅してきた僧侶であるという噂である。